עם הגידול בשיעורי ההעפלה בקיץ 1946 התמלא מחנה המעצר בעתלית. הבריטים החליטו להתחיל ולגרש את המעפילים למחנות מעצר בקפריסין, כאמצעי להרתעת היישוב היהודי מהמשך מפעל ההעפלה. הראשונים להיות מגורשים היו 1,300 מעפילי הספינות 'הנרייטה סאלד' ו'יגור' באמצע אוגוסט 1946 (מבצע 'איגלו').

באמצע 1947 כבר היו במחנות קפריסין כ-15 אלף מעפילים. מעמד העצורים היה כשל שבויי מלחמה. המחנות נוהלו בפיקוח משותף של משרד החוץ הבריטי, משרד המושבות, ממשלת המנדט והצבא הבריטי. אולם הניהול הפנימי במחנות היה כולו בידי העצורים באמצעות נציגי המפלגות הציוניות ושליחי ה'הגנה'. התארגנות חשאית מטעם ארגון ההגנה של המעפילים, שהוקמה ונוהלה ע"י אנשי פלמ"ח, נקראה 'שורות המגינים'. במסגרתה התאמנו כ-11,000 מצעירי המחנות באימוני צבא, עם רובים ואקדחים מעץ, לקראת עלייתם לארץ. כ-7,000 מהם הספיקו לקחת חלק במלחמת העצמאות לאחר שיחרורם.

רבים מאנשי הפלי"ם מלווי אניות המעפילים, ואתם אנשי צוות זרים ומתנדבי מח"ל בעליה ב', גורשו אף הם לקפריסין יחד עם המעפילים. אנשי הפלמ"ח והפלי"ם במחנות קיימו קשר הדוק בין הארץ למחנות, כולל קשר אלחוטי עם מפקדת הפלמ"ח בארץ ותנועת פעילים חופשית למדי תוך הסתייעות במנהרות שנחפרו, ספינות דייג כדוגמאת ה'כריש' ("המיוחדת" - "טקסי-השירות" של הפלי"ם בין הארץ לקפריסין), הצטרפות למשוחררים על חשבון מכסת העליה החודשית (מדי חודש שוחררו מהמחנות 750 איש - מחצית ממכסת רשיונות העלייה הממשלתית), וכיו"ב. התשתית הארגונית של הפלמ"ח במחנות שימשה גם את אנשי החבלה הימית בקפריסין, לאחר העתקת פעילות 'החוליה' מהארץ לאי במרץ 1947.

מחנות בהם הוקמו אוהלים כונו "מחנות קיץ", וכאלה שכללו צריפי פח כונו "מחנות חורף". תנאי החיים במחנות היו קשים. המזון היה דל. החום בקיץ, באזור נטול צל, והקור בחורף היו כבדים. אך האירגון הפנימי והסיוע מהיישוב בארץ ומארגון הג'וינט הקלו על הסבל. במחנות, שהתקיימו 30 חודשים, התקיימו גני ילדים, בתי ספר, מרפאות, פעולות תרבות, ואף בתי-משפט פנימיים. נולדו מעל לאלפיים תינוקות. פירסום עולמי ראשון לשגרת החיים הקשה שבמחנות נתנה העיתונאית היהודיה רות גרובר שביקרה בהם בסוף יולי 1947 בעיקבות סיקורה את פרשת האניה 'אקסודוס', מתוך צפיה שלא התגשמה שמעפילי האניה יגורשו אליהם.

עד לסיום המנדט גורשו לקפריסין כ- 52 אלף מעפילים (כולל 15 אלף מעפילי "הפאנים" שהפליגו בהסכם ישירות לקפריסין). סמוך למועד הקמת המדינה החלו הבריטים בשיחרור קבוצות קבוצות של עצורים. ביוני 1948 הגיעה למחנות משלחת צה"ל לטפל בגיוס המעפילים לצה"ל. אך התקווה לשחרור מיידי של כל העצורים עם קום המדינה נכזבה. צצו אמנם בתחילה בעיות לוגיסטיות וביטחוניות, אך הסיבה להמשך קיום המחנות הייתה הסירוב של הבריטים לשחרר אנשים בגיל גיוס. במהלך קיץ 1948 שוחררה אמנם ועלתה לארץ, באמצעות "הפאנים", המסה העיקרית של עצורי המחנות, אך הבריטים המשיכו להחזיק בכ-10,000 עצורים, רובם גברים בגיל גיוס ומיעוטם בני משפחותיהם שבחרו להשאר איתם. ב-24 בינואר 1949 החל מבצע 'פדות' שבמסגרתו ביצעו האניות 'גלילה' ו'עצמאות' שש הפלגות להעלאת שארית העצורים. ב-10 לפברואר עזב אחרון העצורים וירד המסך על פרק מחנות קפריסין בהיסטוריה.

המעטפה מ-1949, נושאית אחד מבולי "דאר עברי" (הבולים הראשונים של המדינה), מציינת את חיסול מחנות המעצר בקפריסין וחזרתם של המעפילים לישראל.